초대교회가 박해를 받은 보다 근본적인 원인은 로마 제국은 일반적으로 속주 민족들의 종교와 관습에 관용적이면서도, 동시에 로마제국 전체에 통일을 이루기 위해 로마 황제를 숭배하게 하는 이중적인 정책을 시행 했습니다.

​초대교회 성도들에게는 오직 하나님은 한분이시고, 예수 그리스도만이 주님이심을 신앙으로 고백했고 이 고백으로 인해서 많은 박해와 순교를 당했습니다. "네가 만일 네 입으로 예수를 주로 시인하며"(롬 10:9a)를 포함하여 예수그리스도를 주님으로 시인하는 많은 성경 구절은 초대교회 성도들에게는 오늘날과 같이 단순히 입술로 시인하는 것이 아니라, 이 신앙고백 자체는 자신과 가족의 모든 생활의 터전과 자기 목숨까지 내어놓아야 하는 그러한 신앙고백이었습니다. 오늘날에도 기독교인들이 박해를 받는 북한 지역이나 회교 국가 등과 같은 곳에서 박해와 순교가 이루어지는 것과 같습니다.

​우리에게는 이러한 환란이 없다고 감사해야 하겠지만 더욱 중요한 것은, 우리에게도 이러한 신앙에 시험이 닥쳤을 때 기꺼이 순교를 할 수 있을만한 믿음으로 성장할 수 있도록 성령 안에서 그리스도와 성령의 충만한 삶이 더욱 성장해 가야 하는 것입니다.

초대교회 성도들이 박해를 받은 그 밖의 원인들은 다음과 같은 것들이 있습니다.

(1) 예수 그리스도의 몸과 피를 기념해서 성만찬을 자주 거행하는 것을 실제 피와 살을 먹는 “식인종” 이라고 로마인들이 오해함,

(2) 성도들 간의 칭호를 형제, 자매라고 하여 계보도 없는 “쌍 것”이라고 봄,

(3) 성경의 거룩한 입맞춤을 “근친상간”, “야만족”이라고 오해,

(4) 로마제국 전체는 신들에게 제사지내는 것이 일반화되어 있었는데, 기독교인들은 예배만 드려 무신론자들이라고 오해하는 것 등입니다.